Sciences et vie de la Terre, Informatique

Indexer les données génomiques :

un défis à relever

Intestices

Nous sommes assis sur un trésor d’informations que nous sommes actuellement incapables d’exploiter à leur juste valeur pour faire avancer nos connaissances. Cela relève d’un travail titanesque, impossible pour l’humain au vu de la quantité et de la nature des données. Alors comment faire pour contourner toutes ces difficultés ?

Les ensembles de données génomiques publiques issus de la lecture des génomes augmentent à un rythme exponentiel. Ils contiennent des trésors d’informations qui permettent des découvertes révolutionnaires dans des domaines fondamentaux tels que l’agronomie, l’écologie et la santé. Malheureusement, malgré leur disponibilité publique dans des banques telles que le « European Nucleotide Archive » (ENA), ces ressources, mesurées en pétaoctets, sont rarement réutilisées au niveau mondial parce qu’elles ne peuvent pas faire l’objet d’une requête. Regardons de plus près une solution permettant de faire des requêtes sur les données générées par le projet Tara Oceans, qui représentent déjà à elles seules plusieurs dizaines de téraoctets de données.

 

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En savoir plus sur Interstices : 

Interstices est une revue de culture scientifique en ligne, créée par des scientifiques pour vous inviter à explorer les sciences du numérique.

Interstices est publiée par Inria, institut national de recherche en sciences et technologies du numérique, elle a été lancée en 2004 à son initiative. Le suivi scientifique de la revue est assuré par le comité éditorial, qui rassemble des personnes d’Inria, du CNRS, de plusieurs universités ainsi que des associations professionnelles du domaine, notamment la SIF et la SMAI.

 


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